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乔尔·萨尔兹博士的数字病理研究半岛体育官方app苹果下载

我的研半岛体育官方app苹果下载究在数字病理跨越25年,由紧密协调的努力在数据科学、机器学习、软件设计、数据库设计和高端计算。半岛体育综合平台软件我的小组开发了工具和方法通过多年的资助项目支持的各种机构和机构包括NCI, NLM, NIBIB, NSF, DARPA, AFOSR, NASA,国防部和能源部。这项工作奠定数字病理基础的今天。

我带领的团队在约翰霍普金斯大学和马里兰大学学院公园,是第一个开发的“虚拟显微镜”,率先发展数字病理整体滑动图像导航、数据管理、缓存策略和计算机辅助分类。

可视化、查询、缓存、数据管理、管道执行:发展我的团队最初的努力包括第一整个幻灯片图像查看器随后几年的努力开发高效的方法来支持整个幻灯片图像可视化查询、缓存、数据管理以及方法有效的系统软件支持整个幻灯片数据分析管道。这项工作有针对性的集群和HPC系统。我们继续开发方法能够分析和可视化的三维病理图像从串行部分生成和管理数据通过多分辨率整个幻灯片图像捕获。在过去7年自从我来到石溪,太多的焦点已经转移到管理、可视化和导出数据的质量控制等产品实例生成的语义分割数据集人工智能算法。

基于机器学习、计半岛体育综合平台软件算机视觉和人工智能的数字病理方法:我的小组开发了各种各样的机器学习方法,目标分析整个幻灯片的图像。半岛体育综合平台软件早期的工作在这一领域包括机器学习方法的发展为神经母细胞瘤和淋巴瘤分类。半岛体育综合平台软件最近,我的小组开发了创新的多实例学习方法分类整个幻灯片)图像使用粗粒度级别的训练数据。半岛体育综合平台软件2016年CVPR篇描述这项工作已经高度影响力和引用超过340次(谷歌学者,2021年1月)。我的团队也开发了创新方法,利用生成对抗网络推广核跨组织类型细分。这项工作被描述在2019年CVPR纸,然后我们继续使用这个方法来创建一个数据集组成的约50亿分段核;2020年这个数据集是公共和记录在我们的自然科学数据发布。

我们已经开发了一组丰富的管道采用各种各样的卷积网络算法计算生物学上重要的病理特性)和多路复用包含IHC图像,包括空间的地图肿瘤浸润淋巴细胞(尖)。发展我们的一个早期的CNN方法,旨在尖在多个肿瘤类型进行分类,是出于我们参与锅癌症Atlas项目。的努力包含综合分析空间直到模式和分子肿瘤特征之间的关系。这项工作发表在2018细胞报告的文章已被引用超过230次(谷歌学者,2021年1月)。我们已经利用和完善直到分类方法在许多情况下,例如我们看到2020年美国病理学杂志》出版在尖和乳腺癌。

我们也开发了人工智能和传统的基于机器学习的方法来支持分析组织微阵列和多路复用包含IHC研究和开发支持半岛体育综合平台软件3 d数字组织重建的方法。

计算机科学研究半岛体育官方app苹果下载

运行时编译:在1980年代末到1990年中期我开发和提炼检查员执行程序范例。不规则数组访问出现在许多科学应用包括解决稀疏矩阵,解决非结构化网格偏微分方程(PDE)和粒子的方法。传统的编译技术要求指标数据数组是象征性地在编译时可分析的。不规则的应用程序的共同特征是使用间接索引来表示数组元素之间的关系。这意味着数据数组索引通过其他数组的值,称为间接数组。无法描述数组访问模式象征性地可以防止编译器生成不规则应用程序高效的代码。检查员/执行人策略涉及使用编译器来生成代码在程序执行检查和分析数据的引用。这个执行时间分析的结果可以使用1),以确定哪些处理器需要获取数据,数据将被存储一旦收到和2)重新排序和协调执行循环迭代的不规则问题循环进行依赖关系。最初的检查和分析阶段叫做检查员,而使用的阶段分析的结果来优化程序执行被称为执行程序。我以后的工作在这个领域包含编译器转换使用切片和部分冗余消除生成优化的督察/执行器代码连同督察/执行人方法融入pga的语言。这种方法经常用于这一天在各种语境下的包括GPU优化我的出版物在这一领域仍频繁引用。

数据科学中间件:1990年代中期,通过大约2010,我开发了各种各样的方法来支持现在称为边缘计算。这些方法包括活跃的磁盘,我数篇论文之一在这个领域有超过500引用的2021年1月,继续被引用。沿着这些方向的另半岛体育官方app苹果下载一个研究项目是DataCutter由轻型便携式流程设计和流程可以实例化或形成分布式管道接近数据或计算资源。

活动数据存储库是一个空间数据库项目从1990年代中期到2000年代初,在许多方面预示着Hadoop和火花;这是一个系统优化计算,利用广义减少操作的支持。这一努力将空间索引和优化集群/分块方法优化I / O并行集群和机器。Hadoop的发展和火花之后,在2013 - 2017年的时间,我的团队在开发类似的软件系统,使用这些工具。VLDB文章关于这个主题从2013年一直引用超过600次(2021年1月)和希尔伯特空间填充曲线在IEEE TKDE从2001条被引用超过850次(2021年1月)。

人工智能,机器学习:半岛体育综合平台软件我目前人工智能项目关注各种各样的努力目标发展的深层语义实例分类学习算法在大型空间数据集。半岛体育综合平台软件方法包括超分辨率方法能够利用多尺度标签数据,小说生成对抗网络推广培训数据和多实例学习方法能够利用高级别图像训练数据对单张图像进行分类。半岛体育综合平台软件这项工作发表在CVPR和ICLR计算机视觉会议。我集团的2016 CVPR多实例学习纸有350多引用(截止2021年1月半岛体育综合平台软件)

驱动应用程序:我的计算机科学相关研究工作有针对性的发展可概括的方法、算法半岛体育官方app苹果下载和工具。如果可能的话,我的方法是识别多个互补应用程序开我的研究。半岛体育官方app苹果下载除了数字病理和生物医学信息学、计算机科学数据推动了科学研究的问题包括:1)地球科学相关的多孔介质分析包括油藏管理、污染修复和碳封存,2)计算航空,3)土地覆盖变化分析使用卫星图像,4)数字半岛体育官方app苹果下载天空研究,5)计算化学,6)神经科学分析数据和7)3 d组织重建从微观部分描述器官表型变化与基因相关的引申,8)计算线性代数。

临床和转化生物信息学:描述项目出于务实的信息学基础医疗和患者相关研究的需求。半岛体育官方app苹果下载要求在某些情况下出现在国家层面上,例子是N3C基础设施,在其他时候需求在本质上是制度。这自然是一个异构组项目的动机主要来自临床和研究的需要。半岛体育官方app苹果下载

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