共享资源总监
拉玛诉Davuluri博士
石溪大学教授,生物医学信息学系
概述
生物信息学共享资源(BI-SR)为癌症中心调查人员提供数据库管理、应用软件的支持,和专业知识在生物医学研究数据的分析和计算模型。半岛体育官方app苹果下载下拉博士的科学方向Davuluri,生物医学信息学教授BI-SR由教员,程序员,和数据科学专家。功能BI-SR反映癌症中心研究项目的要求,大致分为三个区域:(I)数据管理;半岛体育官方app苹果下载(2)分析和计算模型的下一代测序(上天)数据;和(3)先进的生物信息学综合癌症生物学的工具。
生物信息学提供的特定服务共享资源:
- 提供计算支持数据库软件和生物信息学工具的使用
- 提供咨询支持关于高通量实验设计和数据分析,如使用门店平台
- 为高通量分子提供共享档案(包括芯片和测序)数据,组织相关数据、图像数据,和药效学数据
- 适应和实现粘性分析和机器学习和深度学习工具,允许集成和全面的分子数据的交叉验证用于综合癌症生物学研究半岛体育综合平台软件半岛体育官方app苹果下载
- 提供教育宣传告知癌症中心成员可用BI-SR服务如何利益他们的研究项目和提供具体培训特定的软件包半岛体育官方app苹果下载
BI-SR放置一个高优先级整合癌症研究信息代表不同的数据类型,包括临床病人数据,从门店,分子数据和图像数据从数字化显微半岛体育官方app苹果下载镜幻灯片。数据安全是一个主要的焦点BI-SR软件系统设计和实现。BI-SR还提供了计算生物信息学支持协助分析基因组、分子和蛋白质组数据使用商业和本地开发的软件包。
BI-SR将提供一些具体的活动包括:
- 提供数据处理服务癌症中心成员和其他设施共享
- 提供计算资源培训和获得癌症中心成员到云计算资源
- 提供基因组学分析研究设计和分析服务,癌症中心成员,例如
- 基因表达(散装RNA-seq、单细胞RNA-seq Nanostring)
- 基因调控(ChIP-seq ATAC-seq、表观遗传分析Hi-ChIP,嗝)
- 基因组和转录组测序(可变剪接,RNA编辑、基因融合、SNP和INDEL突变检测,CNV)
- 生物标志物(发现标记mRNA, microrna和蛋白表达数据)
- 通路和网络分析
- 多平台数据的综合分析
- 其他定制的数据分析项目
联系方式:
金玉Li博士人员Bioinformatician,jinyu.li@stonybrookmedicine.edu